Il tentativo fatto dai gendarmi di catturare sua moglie e i I figlio fecero comprendere a Hofer quali fossero le reali intenzioni dei francesi, che nel frattempo avevano posto sul suo capo una grossa taglia di 1500 fiorini, e lo convinsero ancor di più a mantenersi nella latitanza.
   Intanto da Varasdin in Croazia, dove era riparato con altri insorti, il maggiore Martin Teimer, uno dei suoi luogotenenti, era riuscito a fargli pervenire una lettera dove gli comunicava di essere in possesso di una parte delle ingenti somme di denaro che l'Inghilterra aveva inviato a sostegno della lotta dei Tirolesi contro Napoleone e che ora voleva mettere a disposizione di Hofer che doveva solo indicargli il modo più sicuro per fargliele avere. Questa notizia aveva ridato nuove speranze a Hofer che mandò a sua volta il capitano Antonio Wild, un suo uomo di fiducia, a Vienna per riferire verbalmente un suo nuovo appello all'imperatore perché non abbandonasse il Tirolo e il suo comandante generale. L'emissario giunse a Vienna il 28 dicembre e venne ricevuto il giorno stesso dall' imperatore che gli consegnò una sua lettera personale per Hofer in cui gli confermava di aver concluso il trattato di pace e lo invitava a emigrare in Austria e per aiutarlo nella sua fuga affidava al capitano una lettera di cambio di 11000 fiorini.
   Purtroppo i Francesi vennero informati della missione del cap. Wild che non riuscì a raggiungere Hofer che non poté ricevere l'aiuto in denaro inviatogli dall' imperatore ma solo la sua lettera che, in modo fortunoso, gli fu comunque consegnata alla fine di gennaio.
   A due soli giorni dalla sua cattura Hofer inviò all'arciduca Giovanni un'ultima commovente lettera che rivela tutta la lacerazione del suo animo diviso tra la sua incrollabile fedeltà alla casa regnante e il peso della responsabilità per le sofferenze inflitte al suo popolo a causa della rivolta che egli aveva guidato in nome del suo sovrano.
   Un giorno salì sull'alpe di Pfandler anche un certo Raffl, un valligiano che possedeva anch'egli una vecchia baita diroccata lì vicino, il quale insospettito dal fumo che usciva dal camino della baracca, che i suoi occupanti erano costretti a mantenere sempre acceso per difendersi dal freddo, con un pretesto si fece aprire la porta e lì fece la scoperta di Hofer che quasi tutti credevano già rifugiato in Austria. Quest'uomo, che godeva di una pessima fama tra gli abitanti del posto, dopo qualche giorno, attratto dal ricco compenso rivelò la sua scoperta ai Francesi, che, guidati da lui stesso nella notte tra il 27 e il 28 gennaio, si inerpicarono con una grossa truppa di 500 uomini lungo i sentieri ripidi e nevosi della montagna e alle prime ore dell'alba gli uomini del capitano Renouard, un centinaio di soldati e gendarmi francesi e italiani, riuscirono a raggiungere e circondare il rifugio di Hofer.
   Svegliati dalle voci dei soldati gli occupanti della baita si resero subito conto di essere in trappola e vista inutile ogni possibilità di difesa Hofer aprì la porta e chiese se qualcuno dei soldati capisse il tedesco, avuta risposta positiva disse:

"Siete venuti per catturare me, su eccomi, fate di me ciò che volete, perché io sono il colpevole ma chiedo grazia per mia moglie, mio figlio e per questo giovane (indicando Sweth) perché essi sono veramente innocenti!".

   Senza opporre resistenza Hofer si consegnò ai gendarmi che lo legarono con le braccia dietro alla schiena e lo immobilizzarono mettendogli un laccio intorno al collo dopodiché cominciarono a infierire su di lui strappandogli i capelli e i peli della barba dicendo di volere così un ricordo della sua cattura. Estremamente brutale fu il trattamento riservato anche agli altri prigionieri ai quali non fu consentito di vestirsi e così semi nudi e a piedi scalzi furono avviati a forza di spintoni e di insulti giù verso valle lungo impervi sentieri ghiacciati lasciando dietro di sé una traccia di sangue. Come conseguenza dei maltrattamenti subìti il giovane Hofer, allora quindicenne, ebbe congelati entrambi gli alluci dei piedi per cui rimase c1audicante per il resto della sua vita.
   Condotto a Merano Hofer subì un primo interrogatorio da parte del generale Huard nella locanda "Zum Grafen von Meran", ancor oggi esistente, al quale espose quella che sarebbe stata d'ora in poi la sua linea di difesa ovvero di aver sì guidato l'insurrezione popolare per conto del suo imperatore, ma di averla proseguita anche negli ultimi tempi, dopo la conclusione del trattato di pace, solo perché costretto dalle minacce dei suoi compagni.
   I generali francesi Baraguey d'Hilliers e Drouet d'Erlon si affrettarono a comunicare la notizia dell'avvenuta cattura di Hofer al Viceré Eugenio che, da Parigi, dove si trovava in quel momento, diede l'ordine che egli fosse condotto a Mantova dove già si trovavano prigionieri molti altri insorti Tirolesi.
   A partire da Merano il trattamento che gli ufficiali francesi riservarono a Hofer fu molto cavalleresco e cortese; a Bolzano lo stesso Baraguey venne a visitarlo nella sua prigione di Sant' Afra e, deplorando il trattamento inumano dei gendarmi durante la sua cattura, ordinò che la moglie e il figlio fossero subito rimessi in liberà dichiarando che i francesi non facevano la guerra alle donne e ai bambini. Un altro alto ufficiale, il gen. Mollard, venne a visitarlo nella sua cella e gli chiese se desiderasse qualcosa al che Hofer disse che gli sarebbe piaciuto un po' di tabacco da fiuto. Il generale gliene procurò ben due libbre della miglior qualità e in più gli fece dono di una bella tabacchi era d'argento. Il gen. Baraguey diede l'ordine di condurre Hofer e Sweth a Mantova accompagnandolo con una raccomandazione al comandante della fortezza gen. Bisson di trattare con riguardo il prigioniero e il suo compagno.
   Il convoglio, scortato da un battaglione di fanteria francese, fece sosta a Egna dove Hofer poté parlare con un suo vecchio un amico, Vincenzo von Pühler, lo stesso al quale egli indirizzerà qualche giorno più tardi l'ultima sua lettera prima dell'esecuzione e che gli diede un libro di preghiera e una somma di denaro in prestito.
   Dopo altre soste a Trento e Rovereto, Hofer e la sua scorta giunsero ad Ala dove, stando alla testimonianza del Bresciani, gli si sarebbe presentata la possibilità di fuggire quando durante la notte, per le esalazioni di una stufa, le guardie avevano perduto i sensi ma egli anziché approfittare della situazione svegliò il resto del corpo di guardia salvando i soldati dalla morte per asfissia.
   Ammesso pure che egli fosse riuscito a sfuggire ai suoi carcerieri c'è da chiedersi se gli avrebbe poi potuto proseguire la fuga riparando magari in Svizzera o in Austria, ma pare proprio che Hofer non fosse nello stato d'animo di intraprendere una tale impresa; tutti coloro che lo videro in quei giorni ce lo descrivono infatti come un personaggio avvilito e rassegnato al proprio destino, per di più il suo compagno Sweth soffriva ancora di un principio di congelamento ai piedi per cui ad ogni tappa doveva essere trasportato in carcere e curato.
   Dopo altre soste a Verona, Peschiera e a Valeggio i prigionieri giunsero in serata a Mantova il 5 febbraio del 1810 lungo l'antica strada lastricata della quale resta ancor oggi un piccolo tratto e, forse, ebbe la possibilità, prima di passare sotto l'arco di Porta Giulia, di gettare uno sguardo al profilo della città sull'altro lato del lago. Il Bisson prese in consegna i prigionieri che furono condotti nella loro cella, la numero 1 al primo piano della Tane del Vaso a Cittadella.